Мумиё является не токсичным природным лекарственным средством. В результате многочисленных клинических и экспериментальных исследований советским учёным не удалось выявить его побочные действия на организм человека.

Как удалось выяснить советским учёным, доза мумиё, вызывающая 50%-ную гибель (ЛД-50) белых мышей при разных путях введения, составляет: внутрь 6454 мг/кг, подкожно 1566 мг/кг и внутрибрюшно 965 мг/кг массы. Это — огромные количества! Отфильтрованные 1-10%-ные водные растворы мумиё, наносимые на кожные и слизистые покровы в течение 1 месяца, не вызывали местнораздражающего действия. Внутрижелудочное введение мумиё в дозах 50, 100 и 200 мг/кг массы в течение 5 месяцев не вызывало каких-либо патологических изменений со стороны головного мозга, печени, сердца, лёгких, почек, желудка, кишечника, щитовидной железы и надпочечников у лабораторных животных. Полученные данные свидетельствуют об отсутствии у мумиё цито-, нейро-, кардио-, гепато-, гемато-, гастро- и нефротоксического действия.

Тем не менее, есть наблюдения, касающиеся специфики течения некоторых заболеваний.

При наличии мочекаменной болезни уратного свойства сочетание мумиё с кислыми продуктами потенциально может стать дополнительным фактором риска для развития уратного уролитиаза. Такой риск существует лишь в единичных случаях, и для подавляющего большинства больных не отмечен, но на всякий случай в дни приёма мумиё лучше воздержаться от приёма кислых продуктов (уксуса, лимонов, кислого молока, кислых сортов граната и подобных), способствующих накоплению уратов в организме. При соблюдении этих условий содержащаяся в составе мумиё мочевая кислота не представляет особой опасности для развития уролитиаза.

При наличии тиреотоксикоза и гиперфункции надпочечников, при которых резко повышается симпатическая иннервация, мумиё может оказать дополнительную перегрузку организму своим адренопозитивным эффектом.

В тех случаях, когда наряду с гипертонической болезнью имеются тяжёлые переломы костей, травма периферических нервов, атрофическая язва конечностей, применение мумиё в качестве стимулятора регенеративных процессов необходимо комбинировать с успокаивающими (валериана, бромиды и др.) или сосудорасширяющими (папаверин, дибазол, малые дозы адельфана и др.) средствами. Такой подход позволяет предупредить возникновение стрессорного эффекта мумиё.

Также бытует устойчивое мнение о том, что приём алкоголя нельзя совмещать с приёмом мумиё, хотя в наиболее доверительных литературных источниках и описанных клинических испытаниях данного вопроса не отмечено. Возможно, это связано с тем, что в стационаре приём пациентами алкоголя не осуществляется в принципе. Но, предположительно, при одновременном приёме мумиё и алкоголя нервная система организма человека может получить излишнюю нагрузку, к тому же разнонаправленного воздействия (алкоголь понижает чувствительность, а мумиё её активирует).

В современной медицинской практике прием мумие «Феникс» противопоказан при индивидуальной непереносимости компонентов БАД, при беременности, кормлении грудью и мочекаменной болезни.